En efecto, tu mejor solucción es instalar la distribución usando las particiones que tengas para linux. Si tienes el home separado en otra partición puedes conservar los ficheros de configuración, pero si no te interesa o te da igual, te recomiendo que le digas al instalador que la formatee, evitarás posibles problemas (a mi me pasó al pasar de Arch KDE a Debian Gnome)
El instalador de Debian reconoce tu Windows y lo añadirá al Grub cuando le digas que lo instale. Y si vas a instalar Debian te recomiendo una netinstall, añadiendo installgui a las opciones de boot, para que tengas instalador gráfico.
Suerte!
