Pues ahora mismo no se si existirá algo parecido. Lo que si que es cierto lo que comentas a mi ayer mismo me trajo de cabeza. Unos drivers de una fotocopiadora tenían unos 3000 archivitos y los metí en mi pendrive por USB. yo, al igual que tu, sabía que al ser mas archivos iba a tardar algo más, pero... pero vaya, 45 minutos se tiró para 200 Mb de datos.
Antes de ponerme a imaginar la ardua tarea de hacer lo mismo (aunque ahora sería lectura no escritura, con lo que tardaría la mitad) de pasar del pendrive al ordenador destino cancele la transmisión porque era demasiado tiempo, e hice algo tan sencillo como: zipear (bueno, rarear) la carpeta sin compresión desde el pc, y copiar el .rar al pendrive (uau que descubrimiento)
total: 1 minuto o menos en comprimir y 2 minutos en copiar al pendrive.
![pelota [boing]](/images/smilies/nuevos/pelota_ani1.gif)
sólo me ahorré 42 minutos, toma ya.
Eso sí, ahora para borrar los miles de archivos del pendrive que se copiaron de antes, otros minutos más.
Conclusión: debería existir un programa que calcule esta cosa cutre que he calculado yo en minutos, y comprima, o acumule los archivitos en uno desde el disco duro (que es infinitamente mas rápido que un pendrive) cuando sea una copia masiva como la que intenté yo ayer.
Conclusión: 1 archivo grande va a velocidad constante los miles de archivos que quieras, como tu deseabas.