Es buena idea si no quieres hacer particiones, aunque un poco engorroso el tener que sacar y meter los Hds cada vez que quieras arrancar un SO, e incomodidad al pasar de un hd a otro datos. Sobre si tendrás algun problema, pues en teoría no, y si es recomendable, pues que quieres que te diga, peor los discos duros cuanto menos se muevan mejor.
Al cambiar de disco duro obviamente no se queda ningun dato.
Sobre la distribución, yo me pondría suse ademas ha salido o está apunto de salir la 9.2 y es muy facil de empezar con ella.
De todas formas pasate pro el foro de software libre y veras muchos hilos de "recomendadme un distribucion".
Un saludo
P.D: Por que no quieres particionar el HD?