Buenas me dispongo a explicar brevemente, con algunas capturas, 
el funcionamiento de estos dos programas.
Dumper:  Es un programa desarrollado por el equipo del 
Flashcard M3, por lo tanto solo vale para el M3. Principalmente sirve 
para hacernos un Backup de nuestro juego y guardarlo en la tarjeta del M3.
Rein: Con este programa podemos pasar el save que 
tengamos en el M3 o cualquier FlashCard a nuestro cartucho original 
y viciversa.
Dumper. Primeramente nos lo bajamos desde este 
enlace. 
Descomprimimos el fichero y copiamos el Dumper.nds a la tarjeta de 
nuestro M3. Una vez copiado el dumper introducimos flashcard y 
arrancamos la consola. Nos sale el menu del M3 vamos a la seccion 
Game y buscamos donde habiamos copiado anteriomente el 
Dumper.nds, lo seleccionamos, le damos al boton A y ejectamos 
el Dumper.
Se nos abrira el menu del Dumper que no es otra cosa que un 
explorador, cuando ya tenemos el menu, quitamos el passkey y 
metemos en la ranura el juego NDS del cual queremos hacer el 
backup.
Luego cogemos y le damos al boton select, nos pregunta si hemos 
introducido el juego,para confirmar le damos al boton A y al B para 
anular, pulsamos el boton A y ya empezara a crearnos el Backup.
Comentar que para hacer un backup con el M3_SD tarda bastante 
mas que con el M3_CF.
Cuando metamos la tarjeta en el PC, nos daremos cuanta que el 
Dumper nos ha creado un directorio llamado CleanRomDump, en el 
cual nos guardara el Backup limpio.
Luego para utilizarlo tenemos que utilizar el M3Manager como con 
cualquier backup.
Rein. Primeramente nos lo bajamos de este [url="http://juanjocm.googlepages.com/REIN.rar"]enlace[/url], 
descomprimimos el archivo y luego hacemos igual que con el 
Dumper, lo copiamos a la tarjeta de nuestro flashcard, arrancamos 
el Flashcard, en mi caso el M3 y para ejecutarlo en vez de hacerlo 
pulsando A, hay que hacerlo pulsando el Start.
Una vez ejecutado el Rein nos sale la siguiente pantalla.
Nos vamos a la seccion M3Man, le damos al boton A y nos sale este 
submenu.
Elegimos la segunda opcion M3->DS, le damos al boton A, 
introducimos el juego original en el cual queremos grabar el save, le 
damos al boton A y nos sale un explorador, buscamos el save (en el 
M3 los tiene en la carpeta NDSSAVE) y le damos al boton A y a 
continuacion nos pide que confirmemos dandole al start.
Nos sale una barra de progreso y en breve tenemos nuestro juego 
con la partida guardada del backup.
Si falla el Rein suele ser porque el save tiene un nombre largo. Yo le 
suelo dejar 1.dat y con este nombre no me ha fallado nunca.
Por ultimo comentar que este tutorial esta sacado de la web del autor (
http://www.juanjomc.com), usease yo mismo.
Un saludo y espero os sirva de ayuda.
Si encontrais algun fallo, rectificacion que se deba de hacer o algun tema a añadir comentarmelo y lo trataremos.