Hmm, tuve que arreglar una vez ese problema a un ordenador pero no me acuerdo muy bien lo que hice. Lo primero seguro que es intentar entrar a modo a prueba de fallos o modo seguro, normalmente pulsando F8 antes de que cargue el Windows (puedes ir pulsandolo desde que enciendes el ordenador si no sabes cuando). Si consigues entrar en Windows, lo primero que te recomiendo es que vayas a inicio-ejecutar, y pon CMD. Y ahí haces un "chkdsk /f" sin comillas, seguramente te dirá que lo hará la próxima vez que arranques el Windows, si es así reinicia normal.
Si ves que nada, intenta un restaurar sistema a un estado anterior, creo que se encuentra en accesorios/herramientas del sistema.
En caso de que no te sirva nada de eso, haz un reparar la instalación de Windows con el CD de Windows, ojo, un reparar, no una instalación nueva.