a mi me paso eso pero en vez de con ficheros mpg, con ficheros *.avi en divx.
Lo que queria hacer es pasar los divx a mpg para hacer un cvcd, pero al 17% se me quedaba el tmpgenc pillado.
Lo arregle asi:
el fallo era del archivo avi que estaba defectuoso, entonces le pase un regenerador de archivos avi (creo recordar que se llamaba avifix o algo asi) y me corrigio el avi, luego pasé el avi a mpg con el tmpgenc sin ningun problema.
Para coregir archivos mpg seguramente habrá algunas utilidades, pero no se ninguna, aunque en GOOGLE puedes tener la solucion.
saludos