Yo personalmente no consegui hacerlo correr tampoco satisfactoriamente, suerte que conseguí pillar en una segunda mano el Resident Evil 2 de PSX y con el ePSXe va de lujo
Lo que dices de los graficos... pues no se que decirte, aunque hay muchas personas que tienden a pensar cosas como "¿cómo es posible que este juego no me funcione a las mil maravillas con este equipo que tengo ahora? Si es diez veces mejor que con el que lo corria hace años..." (no digo que seas tu un caso

).
Hay que tener en cuenta, que estos juegos, se desarrollaron para ciertos tipos de hardware (como las tarjetas 3dfx, por ejemplo) y que la retrocompatibilidad de los equipos de ahora con los juegos de hace unos 5-10 años puede no ser 100% en todos los casos.
Dices que los gráficos se te veian mejor en tu antiguo Pentium II, por curiosidad, ¿qué tarjeta gráfica tenias en esa época y cual tienes ahora?. Es más que probable, que el juego en aquella epoca hiciese uso de características que tenian aquellas targetas gráficas, y que en las actuales, esas características se hayan eliminado.
A mi me pasaba por ejemplo, que en muchos juegos antiguos ("Final Fantasy VII", "Resident Evil", etc...) si los conseguía arrancar bien, tenia muchos fallos gráficos, como lineas que atravesaban las imágenes, pero es por eso, por que mi gráfica actual ya no es compatible con esas capacidades.
De ahi que, como dices, se vea mejor el juego con según que tarjeta gráfica pruebas en la configuración del mismo, puede que tu tarjeta actual cuente con algunas características que también tenia esa tarjeta que eliges, pero otras no las tendrá.
Con lo de las partidas guardadas no tengo explicación, sorry.
¿Estás intentando cargar partidas de cuando jugabas antes?
En caso afirmativo, ¿has probado a grabar una partida en el juego y a cargarla, a ver si funciona?
Salu2