Hace tiempo en otro hilo yo di la misma solución que comenta francesc_pego. Pero es que yo ya tenía la consola puesta a 60hz antes de poner el cable hdmi.
Ahí es donde me comentaron que reside el problema, digamos que la consola sigue a 50hz aunque muestre a 60hz por el tema del hdmi (al explicación que me dieron era algo así, me comentario que probaro no se que juego arcade que solo va a 60hz). Vamos que un huevo de usuarios siguen con la consola a 50hz sin saberlo.
¿La solución? la misma que cuando vas a usar el cable vga, antes de poner el cable hdmi conecta el vídeo compuesto (cable amarillo) pones la consola a 60hz y ya puedes poner el hdmi, y ahora SI cuando te diga lo de los 50hz le dices que no.