Pues poquitos, es un género en el cual la consola no tuvo demasiada suerte. Y además, depende mucho de lo que uno considere RPG o no RPG.
La cosa quedaría más o menos así
Holy Magic Century (Quest 64)

Aidyn Chronicles

Paper Mario

Body Harvest - Es de acción pero con elementos RPG, es raro como el solo

Megaman 64 - Otro de acción con elementos de aventura/RPG
-1.jpg)
Ogre Battle 64 - RPG/Tactica

Shadowgate 64 - Otro de esos que algunos consideran RPG y otros no...

Si se cuenta el Ocarina como RPG, pues obviamente el Majora's Mask también.

Luego hay algunos que solo salieron en japón
Robot Wars - Otro de Tactics

Robot Ponkotsu 64

Ultraman Battle Colection 64

Zool: Maju Tsukai Densetsu

Fushigi no Dungeon

Y no se si me dejo alguno... quizás. Pero poco más hay.