Probablemente la tarjeta 5.1 tenga la posibilidad de ser configurada en 4.1, la mayoria de las tarjetas 5.1 que he usado tienen esa posibilidad, no porque tengas un 5.1 por huevos vas a tener que usar altavoces 5.1, puedes usar 2 altavoces, 4 dependiendo de la configuracion que escojas. El problema seria meter un 7.1 en una tarjeta 5.1 que no funcionaria el 7.1, funcionaria como un 5.1 si consiguieses conectarlo.
Asique si conectas un 4.1 en una tarjeta 5.1 lo unico que tienes que hacer es irte a la configuracion de los altavoces de la tarjeta de sonido o la configuracion de altavoces de windows y cambiarla por 4.1.
Saludos