yo intentaria pasarlo a divx/xvid y despues con el virtualdub incrustarle los subtitulos.
y volver a recodificar al formato propietario de M$
Un saludo
PD: en el virtualdub necesitaras un plugin se llama Subtitler.vdf y tiene su propio formato ssa creo recordar que con el programita SubtitleTool podras transformalo sin problema.
Para pasar a divx no se si existe algun software que te lo pase automaticamente, si no con el tmpgenc lo pasa a mpg y luego con el propio virtualdub a divx/xvid.
