La configuración de windows es para todos los discos duros, no solo para el principal, así que simplemente tienes que bajar el tiempo para apagar discos duros.
Igualmente te aviso de que, aunque para un SSD es indiferente, para un disco mecánico supone mucho más desgaste hacer varios arranques y paradas que permanecer encendido.
Sobre que no pare, eso es que hay algún proceso accediendo al disco. Tiene que estar varios minutos sin una sola llamada, y eso es complicado (la desfragmentación automática, el indexado de archivos, antivirus si tienes...). En una instalación limpia es fácil ir descartando, si tienes muchas cosas instaladas, te será complicado.
Saludos