Yo siempre aconsejo que el disco donde se aloja el SO tenga el menor número posible de extras. En rendimiento real lo vas a notar muy poco o nada (al menos al principio claro), pero como bien te dicen, es mucho más limpio para administrar, más sencillo para solucionar errores (especialmente en formateos) y más cómodo en general. Yo tengo 3 discos. Uno para so (120GB), otro para juegos que es el disco que tiene todos los números de morir con los años (500GB) y otro para almacenaje puro (3TB).