por definición cuello de botella implica que un eslabón de la cadena hace que el total sea más debil.
No soy ningún experto, asi que si ves otra cosa por ahi que te convenza más, creetela. Sin embargo, según tengo entendido, el ejemplo más clásico se puede dar entre el micro y la gráfica.
Por ejemplo, puedes tener un micro potentísimo y otra mala bestia de tarjeta gráfica que no vayan demasiado bien a la hora de comunicarse por culpa de incompatibilidades en la comunicación.
Yo empecé a investigar este fenómeno con los "cuello de botella" de los intel atom + nvidia. Ambos están integrados en el mismo chip, algo que podría ser estupendo para compartir recursos y comunicarse en paralelo a lo bestia, sin embargo, los de intel obligan a nvidia a pasar por el PCI-express (hypertransport), que sí, está muy bien, pero es un rodeo al fin y al cabo.
Y bueno, claro está, si tienes una gráfica del copón y un micro asquerosito, pues al final el rendimiento no va a ser la media, va a ser asquerosito =)
Espero haberte iluminado algo