Pues después de documentarme un poco si que conviene abrir los puertos para el BitTorrent. Se usan más que nada para compartir información de peers y tan solo se usa un puerto por descarga, y teniendo en cuenta que no se deben poner más de 2-3 descargas simultáneas en BitTorrent (es lo que recomiendan en muchas web especializadas), tan solo supone abrir 2 o 3 puertos.
Por cierto, raro raro lo de tu eMule.... ¿quién tiene los puertos cerrados, el router o un firewall en tu PC?