En linux en general, y salvo contadísimas excepciones, desinstalar y reinstalar es tan útil como cascársela con dos piedras, suele ser más interesante cargarse la carpeta de configuración que deja cada programa en tu carpeta de usuario.
Por otro lado smplayer no es más que un front-end para mplayer. Prueba a abrir el vídeo con mplayer desde un emulador de terminal, y revisa la salida del programa a ver qué dice, y qué video-output está utilizando.