El servicio de Restauración del sistema consume espacio. Cada cierto tiempo suele guardar un punto de de restauración que ocupa bastante espacio. A menos que estés falto de espacio no es recomendable que limpies los puntos de restauración, más que nada porque son lo que van a permitirte sacar el SO adelante en caso de una caída completa del sistema.
También pueden ser archivos temporales almacenados en la carpeta temporal de Windows. Esa carpeta debería vaciarse sola pero los programas no suelen ser capaces de borrar todos sus archivos y al final la carpeta se termina convirtiendo en un estercolero de archivos temporales.