Hola de nuevo,
En principio, donde se guardan todos los buzones, es un fichero único enorme (algo con extensión como .dbf o similar). Yo trabajo con Exchange 2003, por lo que quizá tu escenario es diferente.
Por lo que cuentas, entiendo que tienes el seguimiento de mensajes desactivado (de nuevo no estoy en el curro y no puedo mirar el punto exacto). Según he leído, Exchange 2007, te permite volver al estado de cualquier hora del día, lo que seria similar a los archivelogs de una base de datos Oracle. Quizá, tu problema sea que no te 'purga' los registros de transacciones de la base de datos de Exchange y se van acumulando.
¿Realizas algún tipo de copia de seguridad de Exchange? En mi caso, tenemos un Symantec Backup Exec, que cuando realiza el respaldo, aparte de guardar la "base de datos", también almacena todos los registros de transacciones. Si eso no se realizará así, seguramente nos pasaría lo mismo que a ti.
Si no tienes ningún programa de copia de seguridad, puedes probar con el propio que lleva Win2k3 Server (el sencillo que también llevan los XP). Al tener instalado Exchange, te tendría que aparecer la opción de respaldar las carpetas (públicas y privadas). Creo, que en esta copia, te tendría que archivar las transacciones y liberar espacio.
No conozco la opción de "Circular Logging", pero tiene pinta que archiva los logs cíclicamente y no linealmente, de esta forma no deben pasar de un tamaño determinado.
Yo probaría de respaldar como te he dicho, a ver si te los purga.
A ver si te he ayudado en algo, Suerte!