Pues depende para quien suelas trabajar.
JBOSS + RedHat o compatible (CentOs,Scientific Linux) es caballo ganador bien barato, y lo usan empresas en consecuencia.
WebLogic + solaris es una pasta y también funciona al parecer(yo lo supongo), pero la administración publica y empresas de gran envergadura suelen usarlas, si te mueves en ese mundo te puede venir bien.
WebSphere pues IBM, con mayusculas, también tiene su mercado brutal.
Analiza el mercado que te interese mas trabajar y al lio.
La poca esperiencia que tengo es del primero, lo bueno, lo tocas todo y aprendes un monton, lo malo, no hay perras.
P.D.Todo esto son elucubraciones mias, con mi corta experiencía es lo que pienso, lo mismo cuando tenga experiencia piense otra cosa, o no.