Me pasaba esto con una placa gigabyte de un cliente. Un aviso bonito de que se ha restaurado el bios (no me acuerdo el mensaje exacto). La fecha mantenía correcta, solo que cambiaba parametros de controladora SATA. Pila no podía ser, ya que si es por la pila gastada, te resetea todos los parámetros.
Probe restaurando y guardando los parametros desde el bios, pero nada. Era restaurar los parametros del bios quitando la pila (con el cable de corriente desenchufado). Ya no ha vuelto a salir más el dichoso mensaje...
Observa si se te resetea la fecha en el bios cuando te sale el mensaje.