Pues es un archivo llamado boot.ini en XP.
Es algo así:
[boot loader]
timeout=30
default=multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\WINDOWS
[operating systems]
multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\WINDOWS="Microsoft Windows XP Professional" /fastdetect /NoExecute=OptIn
Entonces el boot.ini lo dejas en el disco duro que está, pero le dices que en lugar de en:
multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\WINDOWS
arranque en:
multi(0)disk(0)rdisk(1)partition(1)\WINDOWS
***SUPONGO, tampoco te lo aseguro***
Tendrías que modificarlo tanto de la línea tercera como de la quinta, tan solo cambiar el (0) por un (1).
No sé si habrá algún programa que te lo configure automáticamente. Yo las veces que lo he tocado ha sido manual.