Si tarda en arrancarte 4min no es por la fragmentación. Por un sistema de ficheros fragmentado puedes perder algunos segundos, pero no 3min y pico. El problema es otro, o te carga demasiadas cosas al principio o hay algún otro problema.
Mi consejo, ya que parece que lo adecuado para ti es windows, es que lo reinstales. Otra posible opción sería tener linux (u otro) y windows, usar windows sólo para jugar y el otro para lo demás. Puedes probar con programas que limpian el registro de windows, a eliminar programas que no uses y comprobar cuáles inician automáticamente, etc, quizá se solucione.