Funciona bastante más veces de las que pensais. Yo he pasado cosas entre el Deluge, el µTorrent (me encanta esa letra) y el Azureus. Eso si, vas a tenerte que comerte una comprobación bastante gorda, pero no debería de fallar.
De todas formas lo de la copia de seguridad es la mejor idea de todas.
Aunque...
Dará igual el programa que uses si es el router el que te esta chapando la conexión, en ese caso toca a realizar el procedimiento estandar en estas cosas. Reiniciar router, reiniciar ordenador, probar nuevos puertos,...
Suerte