Lo que propones es muy ambiguo. O lo explicas mejor o mal nadie te podrá ayudar.
Para lo que pides con un archivo batch que contenga
del <ruta>\*.lnk
copy <ruta origen>\*.lnk <ruta destino>
es suficiente para lo que buscas.
¿Los accesos directos los tienes que crear?, ¿Ya los tienes creados y sólo es moverlos?, ¿Tienen los mismos nombres?...