Si te lo reconoce la BIOS es que esta bien puesto, si no te lo reconoce windows es posible que sea falta de formato (FAT, NTFS, etc...) o bien falta de controladores (Drivers).
Tambien esta la posibilidad de que estes utilizando un HDD muy grande, los chipsets antiguos no soportan HDDs de mucha capacidad... en mi caso tengo una placa con un Nforce2 y no soporta HDDs de mas de 400Gb creo recordar.
Salu2.