Supongo que las tasas de lectura y escritura. Entre WD y Samsung creo que la cosa está así (De menor a mayor velocidad):
WD Green (Almacenamiento) < WD Blue < WD Black = Samsung Spinpoint
Y en cuanto a precios, cuando compré el Samsung estaba a un precio parecido al WD Blue (Bastante más barato que el WD Black). Eso sí, a mi WD me sigue dando más confianza (El primer Samsung de 1TB que compré vino con sectores defectuosos, y el que me cambiaron por RMA está desde hace poco con el SMART en warning por errores en la interfaz, o eso dice el programa... mientras tanto, los 5 WD que tengo no han dado un ruido por ahora, así que para el próximo, creo que optaré por WD (aunque puede ser casualidad)