Si, te seguira saliendo el arranque dual, ya que los ficheros de arranque quedarán modificados.
La mejor manera, para limpiar la mierda que deja vista detrás, es remontar las particiones como se debe hacer (con partición única) y dejar los ficheros de boot como deberían estar (con las opciones de un solo S.O.), es formatear todo el ordenador, dejar el disco duro con una sola partición y reinstalarte el Windows 7.
Pero formateando la partición y reescribiendo los ficheros de arranque de Windows 7 para que no te seleccione otro S.O. también se puede, pero vamos, personalmente lo encuentro una chapucilla para tirar...