Lo que tu tienes son unos Chasquidos en el disco duro.
Cada X tiempo, quieres entrar en alguna carpeta o algo o abrir algun programa en concreto y notas como te sale el relojito pillado unos 2/3 segundos y luego escuchas el chasquido.
Si es eso lo que tienes no te preocupes, SOLO LO HACE EL VISTA, y en todos los que he montado tienen el mismo sintoma, sea la marca que sea de HD. SOLO LO HACE EL VISTA. No se si tiene algo que ver con el tema de la administracion de energia o que, pero raro si que es...
No se a que se deve, yo tengo 5 modulos en mi PC y te aseguro que cuando le da la real gana hace un pequeño chasquido la aguja de dentro de los Dsiscos duros cuando quiero entrar en alguno de ellos.
Eso si, una vez los tiene cargados no vuelve a pasar durante unas cuantas horas.
Ya me cuentas si es eso exactamente lo que te pasa

PD: aunque mi ruido no es como tu lo pintas, sino mas bien un pequeño ''CLACK'' que apenas se aprecia.
Salu2