Si es lo que yo me imagino, y no creo que me equivoque, es que te ha cascado algún ventilador, ya sea el disipa del micro, el ventilador de la fuente de alimentación, algún ventilador adicional que tengas en la caja, o el disipa de la gráfica (si tiene). Por mucho que limpies el pc, el ruido persiste porque el ventilador que lo hace tiene los rodamientos rotos. Es muy poco probable que sea cosa del HD, lo dicho, es algún ventilador.