Con SpeedFan puedes administrar políticas avanzadas para los ventiladores (por ejemplo, que solo se encienda cuando llegue a una determinada temperatura...). Le tienes que dar a Configure -> Fan Control -> Advanced Fan Control -> New -> "Inserta nombre". Seleccionas tu ventilador, le modificas el MAX_SPEED y le pones detonantes de temperatura (el procesador, la gráfica...). Ahí puedes configurar su velocidad dependiendo de la temperatura.
Aun no me queda del todo claro su manejo, asi que no puedo explicartelo muy a fondo.