Pero que
¿Raspberry es un escritorio ahora? Hasta donde yo recuerdo era un XFCE.
Segun la web que pasas: "Raspberry Pi Desktop comes pre-installed with plenty of software for education, programming and general use; including Python, Scratch, Sonic Pi, Java, and more."
Vamos, no creo que sea lo que buscas. Seguramente es mejor que instales Debian a pelo y luego retropie o el emulador que sea.
Despues, tu duda.
1.- Donde esta fallando el donido es en el emulador y no en retropie. Retropie al final es solo un front-end, que llama a los emuladores, que tiene muchos. De hecho tiene varios para cada consola. Así que la configuración que tienes que modificar es la del emulador o de como retropie se comunica con el emulador.
2.- Lo que quieres cambiar es SOLO para raspberry. Raspberry no es un x86 PC, es un ordenador ARM. Entre las particularidades, el arranque del PC se lanza desde los dados que hayan en la primera partición FAT32 que hay en la SD, una especie de arranque estilo UEFI. Allí carga el kernel y otras cosas como el config.txt, que no existe en ningun x86 ni tiene sentido.