Pensaba que los permisos de las carpetas también se aplicaban a accesos FTP.
Dependiendo del gestor FTP que uses, he encontrado esto:
WS_FTP: click derecho sobre el archivo o directorio, y elegir "chmod" en el menu emergente. O tambien, click derecho y elegir del menu "SITE", y en la barra que sale escribir el comando UNIX, por ejemplo, "chmod 666 config.php".
CuteFTP: click derecho sobre el archivo o carpeta y elegir "Change file attributes" del menu emergente. Para ver los permisos en la ventana, click derecho sobre la ventana y elegir "Long listing".
Telnet: Conectados al servidor, simplemente tecleamos chmod 666 config.php
HTML-kit Selecciona el archivo en el worksplace; click en el botón secundario del ratón y selecciona Set permissions. Obtendras una ventana donde podrás fijar el valor CHMOD chequeando casillas con los permisos, o bien introduciendo directamente su traducción numérica.
Fuente