Si conoces alguno que maneje expresiones regulares, no debería ser complicado.
Por ejemplo, con sed se puede añadir un espacio antes de cada mayúscula sustituyendo cada mayúscula (excepto la primera) por un espacio más la mayúscula del siguiente modo:
sed 's/[A-Z]/\ &/g2'
No sé si hay sed para Windows, creo que sí, pero no creo que sea lo que buscas, ¿no?
Ya que estoy, como ejemplo, desde una terminal sería sencillo hacerlo en todos los archivos (esto fallaría si hubiera archivos con espacios):
for i in `ls -1`; do A=`echo $i | sed 's/[A-Z]/\ &/g2'`; cp $i "$A"; done
Desde windows me imagino que podría hacerse de una forma similar.
Pero amos, lo dicho, si encuentras algún programa de eso que maneje expresiones regulares, inténtalo con ése y si no lo consigues avisa.
Edito:
Bueno, he buscado como 10seg y he encontrado esto:
http://www.adictosaltrabajo.com/tutoria ... na=flexrenCon el programa ése, usando expresiones regulares, es muy sencillo.