Mo me ha quedao claro del todo...Supongo que revisaste todo el circuito y no abia fugas, no??ni por el procesador ni nada.
Lo mas seguro que al ponerle el codo, le entro aire al circuito igual se te olvido purgarlo y la bomba empezo a tirar agua y el aire cuando lo puesiste en marcha, haciendo ese ruido molesto que dices hasta que se elimino el aire por si solo. Por eso ya no te hace ruido.
Saludos!!!