Buenas, a ver...
.- Abres el video con el Virtualdub (o Spanishdub) el que mas coraje te de.
.- Te vas a la opcion de Filtros, en el menú de video.
.- Escoges el filtro "null transform" (el cual no aporta nada, pero te permite "recortar" la imagen).
.- Aceptas pulsas sobre "cropping" (creo que se llama asi).
.- Entonces vas "tapando" las areas que no quieres que salgan utilizando las coordenadas X1, X2, Y1, e Y2.
.- Escoges el codec que quieras usar, y guardas el video.
Espero que te ayude. Un saludo.