MKVEXTRACT como tal no le serviria de nada porque solo tendria los streams de audio y video. Format factory tendria mas sentido como recodificador de video.
Usa DivX Convert Plus y en este puede indicar el peso del archivo -cuantos MB ocupara el audio y video- y aparte las dimensiones del video -llamado resolucion- y poder dar salida a contenedor AVI o a contenedor MKV. Este viene en el paquete de codecs de DivX que bajas de divx.com
http://www.divx.com/es/software/divx-plus/converterOtra opcion es AVIDEMUX o VirtualDUBMOD o Mediacoder, en cualquiera arrastras el archivo MKV a su ventana, eliges como formato de video a XVID, como audio a AC3 y como contenedor al AVI, configuras el peso del video -se refiere solo a cuantos MB ocupara el stream de video, el stream de audio ocupara otros espacio extra-. Para hacerlo mas sencillo usa una calculadora de BITRATE, indicas el tiempo de duracion del video, cuantos quieres que pese el archivo de video y eliges alguno de los bitrates estandar usados para el audio -64 o 96 o 112 o 128 o 160 o 192 o 224Kbps- y te calcula el BITRATE de video, ese valor lo usas en el software de codificacion que eligas y asi tendras el peso del archivo que quieres tener.
ejemplo de calculadora de bitrate el "bitcalc" de Kunju

En este ejemplo el Bitrate o Tasa de bits del stream de audio es de 192Kbps, asi que usamos ese valor en el programa calculadora de bitrate, digamos que el video dura 1hora y media, calculamos el bitrate que requiere el stream de video para tener un archivo de video de 8000MB~8GB, que resulta ser de 11944Kbps. lo redondeamos a 11000Kbps