Yo prefiero los integrados en el mismo EXPLORADOR DE WINDOWS y por ello hace tiempo publique un tema sobre programas Cheksum [para windows, macosx y gnu/linux]:
Uso el 'HashCheck Shell Extension' en windows xp/7/8, todos en su edicion de 64bit, y desde el mismo explorador o desde cualquier ventana de archivos puedo crear o verificar desde archivos SHA1, MD5/MD4 y SFV
Al mover/copiar los archivos al otro disco duro se copia/mueve el archivo del cheksum, debe estar en la misma carpeta que los archivos a vrificar, solo se da doble click al archivo del cheksum.