Aunque dicen en algunos lugares que no es estrictamente necesario que los dos HDs sean iguales, yo te lo recomiendo, pues en estas cosas, si tienes un fallo, pierdes todos los datos.
En tu caso dudo que puedas nontar un RAID efectivo, pues con esa disparidad de capacidades, en cuanto el más pequeño se llene, el RAID se va a hacer gárgaras -y eso si te deja montarlo-.
Con un RAID se debe mejorar el rendimiento, pero....¿Tú crees que te merece la pena montar semejante follón? Yo te recomiendo que los montes normalmente paro que utilices un HD para el SO y el otro para los datos, y en diferente IDE. Así mejoras el rendimeinto sin recurrir a montajes complicados.