No tienes ningún problema, la controladora RAID abstrae los discos físicos que tengas en el array y muestra al SO un disco lógico con la capacidad resultante, ése disco lógico lo puedes particionar como quieras.
Simplemente necesitas que el windows en cuestión detecte la controladora raid en el arranque, ya sea en la instalación o a posteriori, después harías una instalación "normal".
Un saludo.