Pues yo tengo otra teoría.
En este país hubo tres fuerzas, anarquistas, comunistas y jacobinos, que tuvieron fuerza en el pasado, y les tres denigraban España a su manera, los primeros porque querían destruir el país como tal en su particular visión geopolítica, los segundos querían convertirlo en simple satélite de la URSS soviética de Stalin, los terceros maldecían todo su pasado y querían "reformarlo" a su gusto.
Frente a estas 3 fuerzas anti-España, se ponían los que se defendían de unas y otras su independencia(de la URSS), personalidad(frente a los jacobinos) e integridad(frente a lo antisocial anarquista), y uno de sus símbolos era, lógicamente, la bandera(o no).
Como de las tres fuerzas sólo los comunistas sobrevivieron al tiempo, y los comunistas llaman "fascista" a todo lo que se les opone, aunque no lo sea, se hizo relación entre la bandera de España-Fascismo.