El cable de datos usb o firewire tiene un canal habilitado para transmitir corriente. Deberias poder cargar la bateria del ipod sin problemas, a no ser que, tu placa base tenga estos puertos en una version antigua. Esto normalmente se corrige actualizando bios, pero podria darse el caso de que tu placa base no tuviese una bios con estos parches.
De todas formas, mira que no verificar todos los componentes que trae un ipod antes de comprarlo aunque sea de segunda mano... ainssssss.