A parte de que el Azureus es un Debora recursos si no se dispone de un buen equipo, tambien se come bastante las conexiones.
Al haber formateado quizas te hayas cargado alguna configuracion que tenias puesta. Puede que lo tuvieses algo mas limitado en cuanto a conexiones.
Yo probaria a bajarselas un poco, no es nada raro que te pase eso, esque por defecto traga como un campeon y puede dejar la tabla Nat de tu Router saturada.
Salu2