la GTX1060 de 6gb es algo mas rápida que la de 3gb, hay una leve diferencia en prestaciones en el chip gráfico además de la cantidad de RAM.
Por otra parte a largo plazo quizá podría 3gb de vram ser justos o poco para juegos venideros, una falta de VRAM puede repercutir en problemas importantes de rendimiento llegado el caso, quedándote 2 opciones, reducir gráficos si el juego permite reducir lo suficiente como para usar menos de 3gb, o sufrirlo. Ahora mismo las gráficas de 2gb están en ese margen de problema, hay juegos ya que a mínimos rozan los 2gb de VRAM.
MSI Afterburner te puede chivar en tiempo real el consumo de RAM y VRAM que hace el juego y ver otros datos como el % de uso de CPU y GPU, suele venir bien para saber por donde cojea el PC.