En general si. Normalmente todas las 6800 las puedes pasar a 6800 GT. Lo unico en lo que la 6600GT le "gana" es en la memoria, que es GDDR3.
Ni te preocupes por las velocidades de reloj. Normalmente, cuantos más pipelines tenga menos velocidad puede alcanzar. La 6800 tiene 12 pixel pipelines y la 6600Gt 8. Además, el ancho de bus de la 6800 es mayor que el de la 6600GT.
Yo ni me lo pensaria, ves directamente a por la 6800.