La diferencia más importante esque la X600 es de gama media pero tirando a alta, mientras que la X800 es gama alta integra. En tu caso, aunque la 9600 GSO es mas "actual", la 8800 es mas potente y buena en rendimiento. No obstante no tengo muy claro que la 8800 sea de 256 mb, peor aun así, si tienes bastante RAM, 2Gb minimo, no te debería suponer ningun problema. Ahora bien a dia de hoy hay opciones mejores. Yo de ti miraria una 9800GT mínimo, que ahora por unos 85 € puede encontras alguna o irte a una GTS250, que viene siendo una 9800GTX, algo mas potente que la 9800GT (mas potencia bruta y mejor rendimiento) por unos 100€. Esto claro esta si quieres jugar a juegos de hoy en dia en resoluciones medias con todo a tope practicamente (no mas de 1440x900 eh). Vamos que todo depende del uso que le vayas a dar y el presupuesto del ke dispongas. Dinos cual es la idea que tienes y te podremos akonsejar mejor.
Pero que vamos, entre las dos que pones tu, la 8800 de calle eh.