A mi parecer,el de la 360 es mejor en cuanto a graficos,animaciones,ritmo de partido,jugabilidad,IA,fisica(la del balon muy buena),regates,la camara Pro(exclusiva de la 360 y PS3),una pasada de camara con la que vas a alucinar.....etc,etc.
Cuando juegas a los 2 uno seguido del otro puedes apreciar todo esto mucho mejor,en el foro de la 360 puedes leer las impresiones de la gente,e incluso los que somos muy fans del Pro6 que nos ha gustado mucho(a muchos,no a todos),y te da la impresion en conjunto de estar jugando a un simulador,y el Pro te llega a parecer mas arcade(sobre todo despues de probar la demo del Pes2008).
He jugado bastante a las 2 demos y al juego completo que he comprado esta tarde(Fifa08 de la 360),y lo unico que te puedo recomendar es que intentes probar las 2 versiones por ti mismo,pero no tienen nada que ver,es una lastima que no se hayan currado mas la version PC.
Si no tienes acceso a poder probarlos en persona,intenta ver videos de las 2 versiones ingame,por ejemplo en Gametrailers,y ahi ya podras apreciar muchas de las diferencias.
Por mucho que yo te diga,intenta ver y probar las 2 versiones,aunque yo personalmente te recomiendo muy mucho la version de la 360,no te arrepentiras,te lo aseguro.