Buscarte un abogado, se que es evidente pero a lo mejor no lo habías pensado. Algunos están especializados en trabajar con extranjeros sin papeles, suelen ser asequibles económicamente y conocen de primera mano este tipo de casos. Pregunta a algún conocido si sabe de algún abogado dedicado a este tipo de casos (extranjería, extradiciones, trabajos de sin papeles etc.).
Si tienes suficientes testigos, o pruebas de otro tipo. Algún tipo de documento firmado por ti en nombre de la empresa (facturas o lo que sea). Supongo que podrías ganar el caso.
Yo no soy de Derecho y estos temas no los controlo. Sobre que te puede pasar a ti, no tengo ni idea...
Por una parte no tienes papeles, y por otra llevas trabajando 3 años en España.
Tendrás que hablarlo con tu abogado (por una primera no debería cobrarte nada)