Lógicamente, cuando restauras un sistema, lo dejas como estaba en la creación del punto de restauración, perdiendo todos los archivos, configuraciones y programas que hicieras desde ese punto en adelante. Es una especie de "formateo a medias", porque solo pierdes aquello que no estaba guardado. Si no puedes elegir un punto de restauración posterior al que te lo deja como recién salido de fábrica (lo que me parece obvio, puesto que no existían otros puntos de restauración en ese momento), no puedes deshacer lo que has hecho. La única alternativa podría llegar a ser utilizar alguno de esos programas que buscan en el disco archivos borrados y los recuperan, pero no sé si funcionará.
Saludos.