Yo de hecho antes de instalarlo de forma definitiva, instalé arch en un hdd externo, simplemente cuando instales, cuidado al particionar, asegurate de elegir el disco externo y ya. Cuando ví que todo funcionaba correctamente usándolo un par de semanitas, lo he instalado en el disco interno.
Como te comentan obviamente la lectura será más lenta, se nota sobre todo en cosas como iniciar el equipo.