¿puede fallar algo cn este sistema de archivos?

bueno pus tengo ya claro instalar en un hdd de 160 gigas en ntfs el windows 2000 profesional, y tengo el xp en faat 32 en uno de 40 gigas... pero.. si instalo el win 2000 professional en el nuevo de 160 en ntfs... no pasara nada prke no esté en fat 32? podré "hacer mi vida" igual que cn fat32? me aconsejais si o no? que hago? jeje muxas gracias pero por postear dudillas que no kede !! jejeje, enga un saludo a to2!!!! byee y mil thanks!